کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5910179 | 1570182 | 2014 | 13 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Genetic analysis of human rhinovirus species A to C detected in patients with acute respiratory infection in Kumamoto prefecture, Japan 2011-2012
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
ESSAdVp-DistancehMPVGTRMCMCURIIFELRSVARIHPDLRITMRCAHPIVHBoVPairwise distanceSLACinternal fixed effects likelihoodHRV - ENGNPs - NP هاFEL - UPAdenovirus - آدنوویروسfixed effects likelihood - اثرات ثابت اثراتEnterovirus - انتروویروسstandard deviation - انحراف معیارeffective sample size - اندازه نمونه موثرhighest posterior density - بالاترین تراکم خلفیreverse transcription - رونویسی معکوسHuman rhinovirus - رینوویروس انسانیtime of the most recent common ancestor - زمان آخرین جدیدترین اجداد مشترکgeneral time reversible - زمان عمومی برگشت پذیرMarkov chain Monte Carlo - زنجیره مارکف مونت کارلوSingle Likelihood Ancestor Counting - شمارش عادت تک عددیUpper respiratory infection - عفونت تنفسی فوقانیLower respiratory infection - عفونت تنفسی پایینAcute respiratory infection - عفونت حاد تنفسیhemagglutinin - هماگلوتینینpolymerase chain reaction - واکنش زنجیره ای پلیمرازPCR - واکنش زنجیرهٔ پلیمرازHuman bocavirus - ویروس انسانی انسانRespiratory syncytial virus - ویروس سنسیتیال تنفسیHuman metapneumovirus - ویروس متاپومومای انسانیHuman parainfluenza virus - ویروس پاراآنفلوآنزای انسانیNeighbor joining - پیوستن به همسایه
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
بوم شناسی، تکامل، رفتار و سامانه شناسی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
We performed detailed genetic analysis of the VP4/VP2 coding region in human rhinovirus species A to C (HRV-ABC) strains detected in patients with a variety of acute respiratory infections in Kumamoto, Japan in the period 2011-12. The phylogenetic tree and evolutionary timescale were obtained by the Bayesian Markov chain Monte Carlo method. Phylogenetic analyses showed that the present HRV-A, -B, and -C strains belonged to 25, 4, and 18 genotypes, respectively. Some new genotypes were confirmed as prevalent strains of HRV-C. An ancestor of the present HRV-ABCs could be dated back to about 20,000Â years ago. The present HRV-A and -C strains have wide genetic divergence (pairwise distance >0.2) with rapid evolutionary rates (around 7Â ÃÂ 10â4 to 4Â ÃÂ 10â3Â substitutions/site/year). Over 100 sites were found to be under negative selection, while no positively selected sites were found in the analyzed region. No evidence of recombination events was found in this region of the present strains. Our results indicate that the present HRV strains have rapidly evolved and subsequently diverged over a long period into multiple genotypes.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Infection, Genetics and Evolution - Volume 21, January 2014, Pages 90-102
Journal: Infection, Genetics and Evolution - Volume 21, January 2014, Pages 90-102
نویسندگان
Naoko Kiyota, Miho Kobayashi, Hiroyuki Tsukagoshi, Akihide Ryo, Seiya Harada, Takashi Kusaka, Masatsugu Obuchi, Naoki Shimojo, Masahiro Noda, Hirokazu Kimura,