کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8646320 1570091 2018 6 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Diversity of copy number variation in a worldwide population of sheep
ترجمه فارسی عنوان
گوناگونی تنوع تعداد کپی در جمعیت گوسفندان سرتاسردنیا
کلمات کلیدی
تنوع تعداد کپی، تنوع، تکامل، انتخاب، گوسفند
فهرست مطالب مقاله
چکیده

کلمات کلیدی

1- زمینه

2- روش و مواد

1.2 انتخاب جمعیت ها و حیوانات

2.2 تعیین تنوع تعداد کپی با PennCNV 

3.2 تفسیر ژن و انالیز PANTHER 

4.2 انالیز افتراقی جمعیت

3- نتایج

1.3 شناسایی تنوع تعداد کپی در جمعیت گوسفندان سرتاسردنیا

3.3 نواحی CNV مختص تبار

4.3 انالیز افتراقی CNV

3.5 ژن های متغیر تعداد کپی

4- بحث

 
ترجمه چکیده
تنوع تعداد کپی (CNV) نشان دهنده ی منبع ژنی متنوع است. گوناگونی توزیع CNV را با استفاده از داده های آرایه ی SNP بررسی کردیم که از کلکسیون نژادهای گوسفند با گستره ی جغرافیایی وسیع جمع آوری شده بودند. 24,558 تنوع تعداد کپی را شناسایی کردیم که در 619 ناحیه ی CNV با طول 197 Mb ادغام شده و مطابق با تقریباً 6.9 درصد ژنوم گوسفند بودند. نتایج ما تمایز جمعیتی تعداد کپی ها را بین نواحی جغرافیایی مختلف ازجمله آفریقا، آمریکا، آسیا، آسیای جنوب غربی، اروپای مرکزی، شمال اروپا و جنوب غرب اروپا آشکار می کنند. تمایز آشکار در پخش تعداد کپی ها بین گروه های متنوع را مشاهده کردیم که احتمالا بازتاب تاریخچه ی جمعیتی نژادهای مختلف گوسفند است. در جستجوی تعیین محتوای ژنی CNV به چندین ژن مهم با CVN همپوشا (BTG3، PTGS1 و PSPH) دست یافتیم که در رشد عضلانی جنین، سنتز پروستاگلندین (PG) و رنگ استخوان نقش دارند. نقشه ی جامع تنوع تعداد کپی را ایجاد کردیم که در تفسیر ژنومی در گوسفند نقش دارد.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی ژنتیک
پیش نمایش مقاله
گوناگونی تنوع تعداد کپی در جمعیت گوسفندان سرتاسردنیا
چکیده انگلیسی
Copy number variation (CNV) represents a major source of genomic variation. We investigated the diversity of CNV distribution using SNP array data collected from a comprehensive collection of geographically dispersed sheep breeds. We identified 24,558 putative CNVs, which can be merged into 619 CNV regions, spanning 197 Mb of total length and corresponding to ~ 6.9% of the sheep genome. Our results reveal a population differentiation in CNV between different geographical areas, including Africa, America, Asia, Southwestern Asia, Central Europe, Northern Europe and Southwestern Europe. We observed clear distinctions in CNV prevalence between diverse groups, possibly reflecting the population history of different sheep breeds. We sought to determine the gene content of CNV, and found several important CNV-overlapping genes (BTG3, PTGS1 and PSPH) which were involved in fetal muscle development, prostaglandin (PG) synthesis, and bone color. Our study generates a comprehensive CNV map, which may contribute to genome annotation in sheep.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Genomics - Volume 110, Issue 3, May 2018, Pages 143-148
نویسندگان
, , , , , , , , ,