کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8751988 | 1594313 | 2018 | 15 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Phage hunters: Computational strategies for finding phages in large-scale 'omics datasets
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
ایمنی شناسی و میکروب شناسی
ویروس شناسی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
A plethora of tools exist for identifying phage sequences in bacterial genomes, single cell amplified genomes, and host-associated and environmental metagenomes. Yet because the genetics of phages and their hosts are closely intertwined, distinguishing viral from bacterial signal remains an ongoing challenge. Further the size, quantity and fragmentary nature of modern 'omics datasets ushers in a new set of computational challenges. Here, we detail the promises and pitfalls of using currently available gene-centric or k-mer based tools for identifying prophage sequences in genomes and prophage and viral contigs in metagenomes. Each of these methods offers a unique piece of the puzzle to elucidating the intriguing signatures of phage-host coevolution.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Virus Research - Volume 244, 15 January 2018, Pages 110-115
Journal: Virus Research - Volume 244, 15 January 2018, Pages 110-115
نویسندگان
Bonnie L. Hurwitz, Alise Ponsero, James Jr., Jana M. U'Ren,