کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8877465 1624132 2018 10 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
On the decidability of population size histories from finite allele frequency spectra
ترجمه فارسی عنوان
در مورد تصمیم گیری تاریخچه اندازه جمعیت از طیف فرکانسی
کلمات کلیدی
ترجمه چکیده
درک وقایع تاریخی که تنوع ژنتیکی فعلی را شکل داده اند، کاربردی در تحقیقات تاریخی، بیولوژیکی و پزشکی دارد. با این حال، مقدار اطلاعات تاریخی که می تواند از داده های ژنتیکی حاصل شود، محدود است، که منجر به یک مشکل شناسایی می شود. به عنوان مثال، فرآیندهای تاریخی مختلف می توانند منجر به توزیع یکسان از فراوانی آلل شوند. این مسئله شناسایی، سایه عدم اطمینان را بر نتایج هر مطالعه ای که از طیف فراوانی برای به دست آوردن جمعیت شناسی گذشته استفاده می کند، ایجاد می کند. استدلال شده است که تحمیل محدودیت های "معقولیت" خفیف بر تاریخ های جمعیت شناختی می تواند بازسازی منحصر به فرد را حداقل در یک محیط آرمانی که طول آن ژنوم تقریبا بی نهایت است را قادر می سازد. در اینجا ما برای این مسئله برای اندازه نمونه محدود و طول ژنوم بحث می کنیم. با استفاده از تقریب نفوذ، محدوده های احتمال تفاوت بین تاریخ های جمعیتی مشابه را به دست می آوریم و از آنها برای ساخت جفت تاریخ های منطقی بسیار متفاوت که توزیع فرکانس تقریبا یکسان را تولید می کنند استفاده می کنیم. بنابراین مسئله ژنوم محدود باقی ماندن ضعیف حتی در میان تاریخچه های معقول نیز ثابت می شود. به جای مدل های چند پارامتر، فواصل اطمینان پارامترهای باریک تولید می کنند، عدم قطعیت های بزرگ پنهان شده بر اساس مدل فرض می شود.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
چکیده انگلیسی
Understanding the historical events that shaped current genomic diversity has applications in historical, biological, and medical research. However, the amount of historical information that can be inferred from genetic data is finite, which leads to an identifiability problem. For example, different historical processes can lead to identical distribution of allele frequencies. This identifiability issue casts a shadow of uncertainty over the results of any study which uses the frequency spectrum to infer past demography. It has been argued that imposing mild 'reasonableness' constraints on demographic histories can enable unique reconstruction, at least in an idealized setting where the length of the genome is nearly infinite. Here, we discuss this problem for finite sample size and genome length. Using the diffusion approximation, we obtain bounds on likelihood differences between similar demographic histories, and use them to construct pairs of very different reasonable histories that produce almost-identical frequency distributions. The finite-genome problem therefore remains poorly determined even among reasonable histories. Where fits to few-parameter models produce narrow parameter confidence intervals, large uncertainties lurk hidden by model assumption.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Theoretical Population Biology - Volume 120, March 2018, Pages 42-51
نویسندگان
, ,