کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10162116 | 1114317 | 2015 | 10 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Modeling the Oxidation of Methionine Residues by Peroxides in Proteins
ترجمه فارسی عنوان
مدل سازی اکسیداسیون متیونین ها توسط پراکسید ها در پروتئین ها
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
فرمول پروتئین، اکسیداسیون، مدل های بیوفیزیکی، ساختار پروتئین، پایدارسازی، طراحی داروهای کامپیوتری، در مدل سازی سیلیکا، دینامیک مولکولی، مدل سازی مولکولی، خواص فیزیکوشیمیایی،
Oxidation - اکسیداسیونPhysicochemical properties - خواص فیزیکی و شیمیاییIn silico modeling - در مدل سازی سیلیکاMolecular dynamics - دینامیک ملکولی یا پویایی مولکولیProtein structure - ساختار پروتئینComputer aided drug design - طراحی دارو با کمک کامپیوترProtein formulation - فرمول پروتئینMolecular modeling - مدل سازی مولکولیBiophysical models - مدل های بیوفیزیکیStabilization - پایدارسازی
موضوعات مرتبط
علوم پزشکی و سلامت
داروسازی، سم شناسی و علوم دارویی
اکتشاف دارویی
چکیده انگلیسی
We report the use of molecular modeling to predict the oxidation propensity of methionine residues in proteins. Oxidation of methionine to the sulfoxide form is one of the major degradation pathways for therapeutic proteins. Oxidation can occur during production, formulation, or storage of pharmaceuticals and it often reduces or eliminates biological activity. We use a molecular model based on atomistic simulations called 2-shell water coordination number to predict the oxidation rates for several model proteins and therapeutic candidates. In addition, we implement models that are based on static and simulation average of the solvent-accessible area (SAA) for either the side chain or the sulfur atom in the methionine residue. We then compare the results from the different models against the experimentally measured relative rates of methionine oxidation. We find that both the 2-shell model and the simulation-averaged SAA models are accurate in predicting the oxidation propensity of methionine residues for the proteins tested. We also find the appropriate parameter ranges where the models are most accurate. These models have significant predictive power and can be used to enable further protein engineering or to guide formulation approaches in stabilizing the unstable methionine residues.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Pharmaceutical Sciences - Volume 104, Issue 4, April 2015, Pages 1246-1255
Journal: Journal of Pharmaceutical Sciences - Volume 104, Issue 4, April 2015, Pages 1246-1255
نویسندگان
Naresh Chennamsetty, Yong Quan, Vishal Nashine, Ikram Sadineni, Olav Lyngberg, Stanley Krystek,