کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10223898 | 1701064 | 2018 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Primer selection influences abundance estimates of ammonia oxidizing archaea in coastal marine sediments
ترجمه فارسی عنوان
انتخاب پرایمر بر برآوردهای فراوانی از سنگ های اکسید کننده آمونیاک در رسوبات دریایی ساحلی تأثیر می گذارد
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
علوم زمین و سیارات
اقیانوس شناسی
چکیده انگلیسی
Quantification of the α-subunit of ammonia monooxygenase (amoA) through PCR is an established technique for estimating the abundance of ammonia oxidizing archaea (AOA) in environmental samples. This study quantified AOA with two established primer sets in 1â¯cm increments from the sediment surface (0-1â¯cm) to a depth of 10â¯cmâ¯at two locations within Port Phillip Bay (PPB), Australia. Primer choice had a significant effect on within sample estimates of AOA with copy numbers ranging from 102 to 104 copies per ng DNA. Variation in AOA abundance patterns with increasing sediment depth were site and primer specific. Sequence mismatches between the primer binding region of the isolated amoA sequences from PPB and Nitrosopumilus maritimus SCM1 were identified and may explain the high variation identified between primer estimates. Our results highlight the need for testing multiple primer pairs that target different regions of the AOA amoA sequence prior to large-scale marine sediment environmental studies.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Marine Environmental Research - Volume 140, September 2018, Pages 90-95
Journal: Marine Environmental Research - Volume 140, September 2018, Pages 90-95
نویسندگان
Alexis Marshall, Lori Phillips, Andrew Longmore, Caixian Tang, Karla Heidelberg, Pauline Mele,