کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10231441 1197 2015 11 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Enhanced sampling techniques in biomolecular simulations
ترجمه فارسی عنوان
تکنیک های نمونه گیری پیشرفته در شبیه سازی های بیولوژیکی
کلمات کلیدی
RMSDaBMDnAMDFGFR5-HT2AGPCRFGFmetabotropic glutamate receptor 2CPUBPTImGluR2COXEGFRG-protein coupled receptor - G-پروتئین همراه گیرندهcyclooxygenase - آنزیم سیکلواکسیژنازroot-mean-square deviation - انحراف معیار میانگین ریشهParallel tempering - خنک کننده موازیFree energy surface - سطح انرژی آزادMolecular dynamics simulation - شبیه سازی دینامیک مولکولیDrug design - طراحی دارو fibroblast growth factor - فاکتور رشد فیبروبلاستMetadynamics - متادینامیکCollective variable - متغیر جمعیbovine pancreatic trypsin inhibitor - مهار کننده تریپسین پانکراس گاوcentral processing unit - واحد پردازش مرکزیGraphical processing unit - واحد پردازش گرافیکیGPU - واحد پردازش گرافیکیhuman immunodeficiency virus - ویروس نقص ایمنی انسانیHIV - ویروس نقص ایمنی انسانی Amber - کهرباEpidermal growth factor receptor - گیرنده فاکتور رشد اپیدرمالfibroblast growth factor receptor - گیرنده فاکتور رشد فیبروبلاست
ترجمه چکیده
شبیه سازی بیومولکولی به طور معمول در تحقیقات بیوشیمی و زیست شناسی مولکولی استفاده می شود؛ با این حال، آنها اغلب موفق به مطابقت با انتظارات از تاثیر خود را در صنعت داروسازی و بیوتکنولوژی. این به دلیل این واقعیت است که یک مقدار وسیع از زمان کامپیوتر برای شبیه سازی اپیزودهای کوتاه از زندگی زیست مولکول ها مورد نیاز است. رویکردهای متعددی برای غلبه بر این مانع، از جمله استفاده از رایانه های مجهز به موازی و هدف خاص یا سخت افزار غیر متعارف ایجاد شده است. رویکردهای روش شناسی با استفاده از مدل های درشت دانه و روش های نمونه گیری پیشرفته تر نشان داده شده است. این تکنیک ها می توانند نشان دهند که چگونه سیستم مورد مطالعه در مقیاس زمانی طولانی بر اساس شبیه سازی های نسبتا کوتاه اجرا می شود. این بررسی خلاصه ای از رویکردهای شبیه سازی جدید، نظریه های روش های نمونه گیری پیشرفته و داستان های موفقیت برنامه های کاربردی خود را با تاثیر مستقیم بر بیوتکنولوژی یا طراحی دارو ارائه می دهد.
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه مهندسی شیمی بیو مهندسی (مهندسی زیستی)
پیش نمایش مقاله
تکنیک های نمونه گیری پیشرفته در شبیه سازی های بیولوژیکی
چکیده انگلیسی
Biomolecular simulations are routinely used in biochemistry and molecular biology research; however, they often fail to match expectations of their impact on pharmaceutical and biotech industry. This is caused by the fact that a vast amount of computer time is required to simulate short episodes from the life of biomolecules. Several approaches have been developed to overcome this obstacle, including application of massively parallel and special purpose computers or non-conventional hardware. Methodological approaches are represented by coarse-grained models and enhanced sampling techniques. These techniques can show how the studied system behaves in long time-scales on the basis of relatively short simulations. This review presents an overview of new simulation approaches, the theory behind enhanced sampling methods and success stories of their applications with a direct impact on biotechnology or drug design.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biotechnology Advances - Volume 33, Issue 6, Part 2, 1 November 2015, Pages 1130-1140
نویسندگان
, , ,