کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10800043 | 1054612 | 2015 | 14 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A molecular simulation protocol to avoid sampling redundancy and discover new states
ترجمه فارسی عنوان
یک پروتکل شبیه سازی مولکولی برای جلوگیری از افزونگی نمونه برداری و کشف حالت های جدید
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
CLDMSMRMSDPESPCA - PCAScalable algorithm - الگوریتم مقیاس پذیرReplica exchange - تبادل تکراریPrincipal component analysis - تحلیل مولفههای اصلی یا PCAPigs - خوک هاMolecular dynamics - دینامیک ملکولی یا پویایی مولکولیMonte Carlo - روش مونت کارلوRex - رکسBiomolecules - زیستمولکول Potential energy surface - سطح انرژی بالقوهTransition path - مسیر گذارroot mean square deviation - میانگین انحراف مربع ریشهEnhanced sampling - نمونه گیری پیشرفته
ترجمه چکیده
در شبیه سازی های مولکولی، اشتباهاتی که ناشی از جستجوی حوزه های مربوطه در فاز فیزیکی نیستند، همیشه غیرقابل اندازه گیری هستند و می توانند به طور خودسرانه بزرگ باشند. پروتکل ما به ابزارهای موجود برای محققان در کاهش این نوع خطاها اضافه می کند. این مقاله بخشی از یک موضوع ویژه به نام "پیشرفت های اخیر دینامیک مولکولی" است.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
چکیده انگلیسی
In molecular simulations, errors caused by not exploring relevant domains in phase space are always unquantifiable and can be arbitrarily large. Our protocol adds to the toolkit available to researchers in reducing these types of errors. This article is part of a Special Issue entitled “Recent Developments of Molecular Dynamics.”
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects - Volume 1850, Issue 5, May 2015, Pages 889-902
Journal: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects - Volume 1850, Issue 5, May 2015, Pages 889-902
نویسندگان
Marco Bacci, Andreas Vitalis, Amedeo Caflisch,