کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10825974 | 1064692 | 2013 | 12 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Review of software tools for design and analysis of large scale MRM proteomic datasets
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
FDRITRAQFWHMSISStable isotope-labeled internal standardMRMSISCAPAMudPITSRMNISTLC–MS/MS - LC-MS / MSMS/MS - MS / MSDatabase - بانک اطلاعاتی، دادِگان یا دِیتابِیسisobaric tag for relative and absolute quantitation - برچسب ایزوباریوم برای مقدار نسبی و مطلقBioinformatics - بیوانفورماتیک Tandem MS - تاندوم MSELISA - تست الیزاEnzyme-linked immunosorbent assay - تست الیزاStable isotope dilution - رقیق ایزوتوپ پایدارSiD - سی دیSILAC - سیلکCoefficient of Variation - ضریب تغییرMass spectrometry - طیف سنجی جرمیPride - غرورMultidimensional protein identification technology - فن آوری شناسایی پروتئین چندتاییNational Institute of Standards and Technology - موسسه ی ملی استانداردها و تکنولوژیfalse discovery rate - میزان کشف کاذبstable isotope labeling by amino acids in cell culture - نشانه ایزوتوپ پایدار با اسیدهای آمینه در کشت سلولیselective reaction monitoring - نظارت واکنش های انتخابیmultiple reaction monitoring - نظارت چندگانه چندگانهTargeted proteomics - پروتئومیک هدفمند
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Selective or Multiple Reaction monitoring (SRM/MRM) is a liquid-chromatography (LC)/tandem-mass spectrometry (MS/MS) method that enables the quantitation of specific proteins in a sample by analyzing precursor ions and the fragment ions of their selected tryptic peptides. Instrumentation software has advanced to the point that thousands of transitions (pairs of primary and secondary m/z values) can be measured in a triple quadrupole instrument coupled to an LC, by a well-designed scheduling and selection of m/z windows. The design of a good MRM assay relies on the availability of peptide spectra from previous discovery-phase LC-MS/MS studies. The tedious aspect of manually developing and processing MRM assays involving thousands of transitions has spurred to development of software tools to automate this process. Software packages have been developed for project management, assay development, assay validation, data export, peak integration, quality assessment, and biostatistical analysis. No single tool provides a complete end-to-end solution, thus this article reviews the current state and discusses future directions of these software tools in order to enable researchers to combine these tools for a comprehensive targeted proteomics workflow.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Methods - Volume 61, Issue 3, 15 June 2013, Pages 287-298
Journal: Methods - Volume 61, Issue 3, 15 June 2013, Pages 287-298
نویسندگان
Christopher M. Colangelo, Lisa Chung, Can Bruce, Kei-Hoi Cheung,