Western Database of Lipid Variants (WDLV): A Catalogue of Genetic Variants in Monogenic Dyslipidemias

BackgroundNext-generation sequencing (NGS) is nearing routine clinical application, especially for diagnosis of rare monogenic cardiovascular diseases. But NGS uncovers so much variation in an individual genome that filtering steps are required to streamline data management. The first step is to determine whether a potential disease-causing variant has been observed previously in affected patients.MethodsTo facilitate this step for lipid disorders, we developed the Western Database of Lipid Variants (WDLV) of 2776 variants in 24 genes that cause monogenic dyslipoproteinemias, including conditions characterized primarily by either high or low low-density lipoprotein cholesterol, high or low high-density lipoprotein cholesterol, high triglyceride, and some miscellaneous disorders. We incorporated quality-control steps to maximize the likelihood that a listed mutation was disease causing.ResultsThe details of each mutation found in a dyslipidemia, together with a mutation map of the causative genes, are shown in graphical display items.ConclusionsWDLV will help clinicians and researchers determine the potential pathogenicity of mutations discovered by DNA sequencing of patients or research participants with lipid disorders.

RésuméIntroductionLe séquençage de nouvelle génération (SNG) tend vers l’application clinique courante, particulièrement pour le diagnostic des maladies cardiovasculaires monogéniques rares. Mais le SNG montre tant de variations dans un génome individuel que des étapes de filtrage sont requises pour simplifier la gestion des données. La première étape est de déterminer si un variant pathogène potentiel a déjà été observé chez les patients atteints.MéthodesPour faciliter cette étape des troubles lipidiques, nous avons élaboré la Western Database of Lipid Variants (WDLV) de 2776 variants de 24 gènes qui causent les dyslipoprotéinémies monogéniques, incluant les affections principalement caractérisées par un cholestérol à lipoprotéines de basse densité élevé ou faible, un cholestérol à lipoprotéines de haute densité élevé ou faible, des triglycérides élevés et certains troubles divers. Nous avons inclus des étapes de contrôle de la qualité pour accroître la possibilité qu’une mutation répertoriée ait été pathogène.RésultatsLes détails de chaque mutation découverte au cours d’une dyslipidémie, ainsi qu’une carte de mutations des gènes responsables, sont montrés dans les éléments de la présentation graphique.ConclusionsLa WDLV aidera les cliniciens et les chercheurs à déterminer la pathogénicité potentielle des mutations découvertes par le séquençage de l’ADN des patients ou des participants à la recherche ayant des troubles lipidiques.