کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5590096 | 1404678 | 2017 | 27 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
TiD: Standalone software for mining putative drug targets from bacterial proteome
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
CegNCBIMDRFDASTRINGsearch tool for the retrieval of interacting genes/proteins - ابزار جستجو برای بازیابی ژن / پروتئین های تعامل استKEGG یا Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایرة المعارف ژن ها و ژنوم کیوتو Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes - دایره المعارف کیوتو ژن ها و ژنوم هاGraphical user interface - رابط کاربر گرافیکیGUI - رابط کاربری گرافیکیTID - زمانFood and Drug Administration - سازمان غذا و داروDEG - شماTarget identification - شناسایی هدفNational Center for Biotechnology Information - مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژیDatabase of Essential Genes - پایگاه داده ژن های ضروریMulti drug resistant - چند داروی مقاومEssential genes - ژن های ضروری
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
TiD is a standalone application, which relies on basic assumption that a protein must be essential for pathogens survival and non-homologous with host to qualify as putative target. With an input bacterial proteome, TiD removes paralogous proteins, picks essential ones, and excludes proteins homologous with host organisms. The targets illustrate non-homology with at least 40 out of 84 gut microbes, considered safe for human. TiD classifies proposed targets as known, novel and virulent. Users can perform pathway analysis, choke point analysis, interactome analysis, subcellular localization and functional annotations through web servers cross-referenced with the application. Drug targets identified by TiD for Listeria monocytogenes, Bacillus anthracis and Pseudomonas aeruginosa have revealed significant overlaps with previous studies. TiD takes <Â 2Â h to scan putative targets from a bacterial proteome with ~Â 5000 proteins; hence, we propose it as a useful tool for rational drug design. TiD is available at http://bmicnip.in/TiD/.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Genomics - Volume 109, Issue 1, January 2017, Pages 51-57
Journal: Genomics - Volume 109, Issue 1, January 2017, Pages 51-57
نویسندگان
Reena Gupta, Dibyabhaba Pradhan, Arun Kumar Jain, Chandra Shekhar Rai,