کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5914685 | 1162748 | 2012 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Computational methods for prediction of protein-RNA interactions
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
RNPRNA–protein complexRRMHMMCryo-EMFPRPDBRMSDMCCROCAUC - AUCRNA recognition motif - RNA تشخیص موتیفRNA - اسید ریبونوکلئیکStructural bioinformatics - بیوانفورماتیک ساختاریNMR - تشدید مغناطیسی هستهای TPR - روش پاسخ فیزیکیMatthews Correlation Coefficient - ضریب همبستگی متیوNuclear magnetic resonance spectroscopy - طیف سنجی رزونانس مغناطیسی هسته ایSupport vector machine - ماشین بردار پشتیبانیSVM - ماشین بردار پشتیبانیArea under receiver operating characteristic curve - محدوده تحت منحنی مشخصه عامل گیرندهHidden Markov model - مدل پنهان مارکوف root mean square deviation - میانگین انحراف مربع ریشهCryo-electron microscopy - میکروسکوپ الکترونی کرایوProtein - پروتئینbinding site prediction - پیش بینی سایت مرتبطreceiver operating characteristic - گیرنده عامل عامل
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شناسی مولکولی
پیش نمایش صفحه اول مقاله

چکیده انگلیسی
Understanding the molecular mechanism of protein-RNA recognition and complex formation is a major challenge in structural biology. Unfortunately, the experimental determination of protein-RNA complexes by X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) is tedious and difficult. Alternatively, protein-RNA interactions can be predicted by computational methods. Although less accurate than experimental observations, computational predictions can be sufficiently accurate to prompt functional hypotheses and guide experiments, e.g. to identify individual amino acid or nucleotide residues. In this article we review 10 methods for predicting protein-RNA interactions, seven of which predict RNA-binding sites from protein sequences and three from structures. We also developed a meta-predictor that uses the output of top three sequence-based primary predictors to calculate a consensus prediction, which outperforms all the primary predictors. In order to fully cover the software for predicting protein-RNA interactions, we also describe five methods for protein-RNA docking. The article highlights the strengths and shortcomings of existing methods for the prediction of protein-RNA interactions and provides suggestions for their further development.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 179, Issue 3, September 2012, Pages 261-268
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 179, Issue 3, September 2012, Pages 261-268
نویسندگان
Tomasz Puton, Lukasz Kozlowski, Irina Tuszynska, Kristian Rother, Janusz M. Bujnicki,