Phenotypic and genotypic evaluation of 18 Nocardia isolates from human clinical samples in Mexico

SummaryBackgroundMexico has the largest number of clinical cases of actinomycetoma in North and South America. Species originally identified by less specific methods have been recently reclassified as other known species or as new species.ObjectiveTo assess, by 16S rRNA gene sequencing and phenotypic methods, the species distribution of 18 human clinical isolates originally identified as N. brasiliensis, some of them isolated between 1947 and 1959 in Mexico City.MethodsClinical isolates came from the Hospital General, “Dr. Manuel Gea Gonzalez”, and Instituto Nacional de Diagnóstico y Referencia Epidemiológica (INDRE) in Mexico, D.F. The strains used in this study included 15 clinical strains isolated between 1947 and 1959 that were originally identified as N. brasiliensis and three more strains obtained in 2007 identified as Nocardia spp. The isolates were identified genotypically by sequencing the 16S rRNA gene, and their phenotypic profiles were obtained with the API Coryne® system. Antibiotic susceptibility patterns were tested according to the protocol of the Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie [4].ResultsAccording to 16S rRNA gene, sequencing were identified among 18 human clinical isolates as Nocardia farcinica (n = 11) and Nocardia brasiliensis (n = 7). A high number of the strains were susceptible to the majority of the antibiotics tested. The phenotypic profiles of the strains were quite uniform for N. farcinica and some variability was observed for N. brasiliensis strains.ConclusionN. farcinica was the most prevalent species identified. Modern methodologies should be applied in clinical laboratories to accurately identify etiological agents.

RésuméOrigineLe Mexique a le plus grand nombre de cas cliniques d’actinomycetoma dans les Amériques du Nord et du Sud. Les espèces initialement identifiées par des méthodes moins spécifiques ont été reclassées récemment comme autre espèce connue ou comme nouvelle espèce.ObjectifÀ partir du séquençage du 16S rRNA gène et des méthodes phenotypiques, établir la distribution des espèces isolées de 18 échantillons cliniques d’origine humaine initialement identifiées comme N. brasiliensis. Quelques-uns ont été isolés entre 1947 et 1959 à Mexico.Matériel et méthodesLes isolats cliniques ont été obtenus de l’hôpital général « Dr Manuel Gea González » de l’Institut national de diagnostic épidémiologique et de référence (INDRE) à Mexico. Les souches utilisées dans cette étude sont 15 isolats cliniques isolés entre 1947 et 1959 qui ont été initialement identifiés comme N. brasiliensis et trois souches obtenues, en 2007, et identifiés comme Nocardia sp. Les isolats ont été identifiés par séquençage du gène ARNr 16S et par des profils phénotypiques obtenus avec l’API Coryne® système. Nous avons obtenu les profils de sensibilité aux antibiotiques selon le protocole du Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie [4].RésultatsSelon les séquences du gène 16S ARNr, les 18 isolats cliniques humains ont été identifiés comme N. farcinica (n = 11) et N. brasiliensis (n = 7). Un grand nombre de souches étaient sensibles à la plupart des antibiotiques testés. Les profils phénotypiques des souches étaient uniformes pour N. farcinica et une plus grande variation a été observée pour les souches de N. brasiliensis.ConclusionN. farcinica a été l’espèce identifiée la plus répandue. Les nouvelles méthodologies devraient être appliquées dans les laboratoires cliniques pour identifier avec précision les agents étiologiques.