A comparative study on morphological versus molecular identification of dermatophyte isolates

SummaryObjectiveDermatophytes are taxonomically classified in the genera Trichophyton, Microsporum, and Epidermophyton. Pleomorphism, cultural variability, slow growth and sporulation, and the need for additional physiological tests make dermatophytes notoriously difficult to identify. The present study aimed to compare the results of morphological and molecular identification of certain groups of clinical isolates of dermatophytes with a view to evaluating the accuracy of molecular methods.Patients and methodsFor each sample, the ITS1-5.8S-ITS2 rDNA region was amplified using the primers ITS1 and ITS4. PCR products were subjected to restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis using the enzyme MvaI and isolate identification was performed by comparing the electrophoretic RFLP patterns with reference profiles obtained previously. Finally, paired comparative analyses of molecular and conventional methods were performed.ResultsWhile morphology results from routine daily reports of the laboratories indicated that 18 (6.8%) and 136 (52.10%) of the isolates were T. rubrum and T. interdigitale, respectively, PCR-RFLP results suggested that T. rubrum was the most common etiological agent of ringworm accounting for 94 (36.01%), followed by T. interdigitale accounting for 71 (27.20%). Interestingly, 80.8% out of the 94 isolates identified as T. rubrum by molecular testing had been identified by morphological examination as belonging to different species, such as T. interdigitale (75.5%), E. floccosum (2.1%) and M. canis, T. verrucosum, and T. tonsurans (each 1.06%). Ten strains out of 261 (T. interdigitale, n = 8; E. floccosum, n = 2) had been defined as unknown species by morphological tests.ConclusionAn unexpected high percent of isolates identified as T. interdigitale by conventional methods were in effect T. rubrum shown by PCR-RFLP, and regarding the necessity of correct identification of dermatophytes recovered from different clinical forms of the infection, we highly recommend ITS-sequencing or ITS-RFLP of the isolates, particularly for epidemiological research studies.

RésuméLes dermatophytes sont classés en 3 genres toxonomiques : Trichophyton, Microsporum et Epidermophyton. Le pléiomorphisme, les variations en culture, la lenteur de croissance et de sporulation et la nécessité de tests physiologiques complémentaires rendent les dermatophytes notoirement difficiles à identifier.ObjectifsLe but de cette étude est de comparer les résultats de l’identification morphologique et moléculaire de certains groupes d’isolats cliniques pour évaluer la justesse des méthodes moléculaires.Patients et méthodesPour chaque échantillon, la région ITS1-5.8S-ITS2 de l’ADNr a été amplifiée en utilisant les primers ITS1 et ITS4. Les produits de PCR ont été soumis à l’analyse RFLP en utilisant l’enzyme MvaI et l’identification de la souche a été faite en comparant l’échantillon électrophorétique de RFLP aux profils de référence antérieurement obtenus. Finalement, les analyses comparatives moléculaires versus les méthodes conventionnelles ont été réalisées.RésultatsAlors que les résultats avec la morphologie indiquaient que 18 (6,8 %) et 136 (52,1 %) des isolats étaient T. rubrum et T. interdigitale respectivement, les résultats PCR-RFLP suggéraient que T. rubrum était l’agent étiologique le plus fréquent pour les lésions cutanées, représentant 94 cas (36,01 %), suivi de T. interdigitale 71 cas (27,2 %). Il est à noter que 80,8 % des 94 isolats identifiés comme T. rubrum par les tests moléculaires avaient été identifiés par la morphologie comme une autre espèce : T. interdigitale 75,5 %, E. floccosum : 2,1 % et M. canis, T. verrucosum et T. tonsurans (1,06 % chacun). Dix souches sur 261 (T. interdigitale n = 8, E. floccosum n = 2) avaient été identifiées comme espèce inconnue par la morphologie.ConclusionsUn fort pourcentage inattendu d’isolats identifiés comme T. interdigitale par les méthodes conventionnelles étaient en fait T. rubrum comme la PCR-RFLP l’a montré. La nécessité d’une identification correcte des dermatophytes isolés des différentes formes cliniques de l’infection nous fait vivement recommander le séquençage ITS ou la PCR-RFLP des isolats en particulier pour les études épidémiologiques.