کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5914693 | 1162748 | 2012 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Enriching the human apoptosis pathway by predicting the structures of protein-protein complexes
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
CASP9APAf-1IAPDISCSTRINGTNF-R1FADDBcl-2CASP7Bcl-xLCytCcasp8PPIFLIPFASCASP3PDBRMSDTRAIL-RMYD88TRADDTNFαBH3 Interacting Domain Death Agonist - BH3 تعامل دامنه آگونیست مرگAIF - آیفونBax - باکسProtein–protein interaction - تعامل پروتئین-پروتئینtumor necrosis factor alpha - تومور نکروز عامل آلفاtumor necrosis factor receptor superfamily - خانواده خانوادگی گیرنده فاکتور نکروز تومورApoptosis - خزان یاختهایKEGG یا Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایرة المعارف ژن ها و ژنوم کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایره المعارف ژنتیک ژن ها و ژنوم کیوتو3D structure - ساختار 3Dcytochrome c - سیتوکروم سیSignaling network - شبکه سیگنالینگApoptotic Peptidase Activating Factor 1 - فاکتور فعال فعال پپتیدی آپوپتوزی 1TRAIL - قطارB-cell lymphoma 2 - لنفوم سلول B 2Prism - منشورroot mean square deviation - میانگین انحراف مربع ریشهmyeloid differentiation primary response gene 88 - پاسخ اولیه ژن 88، اختلال میلوئیدBCL2-associated X protein - پروتئین X مرتبط با BCL2Protein Data Bank - پروتئین بانک اطلاعاتیProtein–protein complex - پروتئین پروتئین پیچیدهBID - پیشنهادdeath-inducing signaling complex - پیچیدگی سیگنالینگ ناشی از مرگCaspase-6 - کاسپاز 6Caspase-7 - کاسپاز 7Caspase-3 - کاسپاز ۳ Caspase-8 - کاسپاز-8Caspase-9 - کاسپاز-9
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شناسی مولکولی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Apoptosis is a matter of life and death for cells and both inhibited and enhanced apoptosis may be involved in the pathogenesis of human diseases. The structures of protein-protein complexes in the apoptosis signaling pathway are important as the structural pathway helps in understanding the mechanism of the regulation and information transfer, and in identifying targets for drug design. Here, we aim to predict the structures toward a more informative pathway than currently available. Based on the 3D structures of complexes in the target pathway and a protein-protein interaction modeling tool which allows accurate and proteome-scale applications, we modeled the structures of 29 interactions, 21 of which were previously unknown. Next, 27 interactions which were not listed in the KEGG apoptosis pathway were predicted and subsequently validated by the experimental data in the literature. Additional interactions are also predicted. The multi-partner hub proteins are analyzed and interactions that can and cannot co-exist are identified. Overall, our results enrich the understanding of the pathway with interactions and provide structural details for the human apoptosis pathway. They also illustrate that computational modeling of protein-protein interactions on a large scale can help validate experimental data and provide accurate, structural atom-level detail of signaling pathways in the human cell.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 179, Issue 3, September 2012, Pages 338-346
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 179, Issue 3, September 2012, Pages 338-346
نویسندگان
Saliha Ece Acuner Ozbabacan, Ozlem Keskin, Ruth Nussinov, Attila Gursoy,