Evaluation of Chitine synthase (CHS1) polymerase chain reaction assay in diagnosis of dermatophyte onychomycosis

SummaryBackgroundOnychomycosis is one of the most prevalent dermatophytic diseases. Mycological methods used in the conventional diagnosis may not be optimal. PCR was reported as a reliable alternative in the diagnosis of dermatophytosis.Materials and methodsA PCR method based on the amplification of the chitin synthase 1 gene was developed. The study included 119 strains of dermatophytes and non dermatophytic fungi, eight dermatophytic reference strains and 201 nail specimens from patients with dermatophytic onyxis. DNA extraction was carried out by using the QIAamp DNA extraction kit (Quiagen).ResultsPCR positivity was based on the production of a specific 432 bp fragment. None of the investigated non dermatophytic strains was positive. Sensitivity of PCR was higher as compared to mycological examination (90.5% vs. 81.1%). PCR was positive in 31 onyxis cases with positive direct examination but negative or contaminated culture. In contrast, PCR was negative in 10 cases where both direct examination and culture were found positive.ConclusionPCR is an adequate tool for the diagnosis of dermatophytic onychomycosis. It is much adapted to cases where culture is negative or contaminated by overgrowing molds, which makes the identification of the causal agent problematic.

RésuméIntroductionL’onychomycose est l’une des plus fréquentes dermatophytoses. Les méthodes conventionnelles utilisées pour le diagnostic mycologique de routine présentent des insuffisances. La PCR est rapportée comme une technique rapide, sensible et utile dans le diagnostic des dermatophytoses.Matériels et méthodesUne technique PCR a été développée en se basant sur l’amplification du gène de la chitine synthase 1. L’étude inclut 119 souches de dermatophytes et de non dermatophytes, huit souches dermatophytes de référence et 201 squames d’ongles prélevés sur des malades atteints d’onychomycose. L’extraction d’ADN est effectuée par un kit commercial QIAamp DNA extraction (Quiagen).RésultatsLa positivité de la PCR est basée sur l’amplification d’un fragment spécifique de 432 pb. Toutes les souches non dermatophytiques étudiées sont négatives en PCR. La sensibilité de la PCR est plus élevée que celle de l’examen mycologique classique (90,5 % vs 81,1 %). La PCR est positive dans 31 cas où l’examen direct est positif avec culture négative ou contaminée. En revanche, la PCR est négative dans dix cas où les deux tests : examen direct et la culture sont positives.ConclusionLa PCR est d’un grand apport pour le diagnostic des onychomycoses dermatophytiques. Cette technique s’adapte mieux pour les cas où la culture est négative ou contaminée par la pousse rapide des contaminants, ce qui rend difficile l’identification de l’agent causal.