کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6134357 | 1223580 | 2013 | 5 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Evaluation of the automatic editing tool RECall for HIV-1 pol and V3 loop sequences
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
EQANRTIENVNNRTIFPRamino acid - آمینو اسیدAutomation - اتوماسیونexternal quality assessment - ارزیابی کیفیت خارجیReverse transcriptase - ترانس کریپتاز معکوس یا وارونویسGenotyping - تعیین ساختار ژنتیکیAntiretroviral therapy - درمان ضد رتروویروسیDrug resistance - مقاومت داروییNon-nucleoside reverse transcriptase inhibitor - مهار کننده ترانس کپیک معکوس غیر نوکلئوزیدیnucleoside reverse transcriptase inhibitor - مهار کننده ترانس کپیکول معکوس نوکلئوزیدProtease inhibitor - مهارکننده پروتئازFalse positive rate - نرخ مثبت کاذبNucleotide - نوکلئوتیدART - هنرEditing - ویرایشHIV-1 - ویروس اچ آی وی نوع یکHuman immunodeficiency virus type 1 - ویروس نقص ایمنی بدن نوع 1Protease - پروتئازpol - پلEnvelope gene - ژن پاکتPolymerase gene - ژن پلیمریزاسیون
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
ایمنی شناسی و میکروب شناسی
ویروس شناسی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Genotypic drug resistance testing is routine practice in HIV-1 clinical care. The visual interpretation of sequencing electropherograms is labour-intensive and subject to intra- and inter-assay variability because decisions are based on operators' judgments. In this study the performance of the automatic editing tool RECall was compared to the current standard of editing manually and editing using the tool ViroSeq. Using RECall a consensus sequence could be generated for 97% of the V3 loop and for 79% of the pol experiments. By comparison, using manual editing a consensus sequence could be reached for 87% of the V3 and 87% of the pol experiments. Using ViroSeq, a consensus sequence was generated for 68% of the pol experiments. On a predefined dataset, manual editing displayed the highest probability to accurately assign mixtures (0.91 vs. 0.88 by ViroSeq vs. 0.76 by RECall) and the lowest probability to inaccurately assign a mixture to a pure base call (0.002 vs. 0.019 by ViroSeq vs. 0.002 by RECall). As differences in base calling have little impact on drug resistance interpretation and hands-on-time could be substantially reduced, RECall could be a valuable tool for the standardization and acceleration of the editing process.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Virological Methods - Volume 193, Issue 1, October 2013, Pages 135-139
Journal: Journal of Virological Methods - Volume 193, Issue 1, October 2013, Pages 135-139
نویسندگان
Lore Vinken, Sarah Megens, Yoeri Schrooten, Anne-Mieke Vandamme, Kristel Van Laethem,