کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8551938 | 1562112 | 2017 | 43 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A generic Transcriptomics Reporting Framework (TRF) for 'omics data processing and analysis
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
ECETOCFDAMOALOAELEuropean Chemical Industry CouncilNOAELRBALRICeficRMAGEOVSNMAQCPNDFDRMicroArray Quality ControlTRFLIMMAADI - NAMEPCA - PCAstandard deviation - انحراف معیارGene expression - بیان ژنBioinformatics - بیوانفورماتیک Statistical analysis - تحلیل آماریPrincipal component analysis - تحلیل مولفههای اصلی یا PCAanalysis of variance - تحلیل واریانسANOVA - تحلیل واریانس Analysis of varianceReplicate - تکثیرReproducibility - تکرارپذیریMode-of-action - حالت عملpostnatal day - روز پس از زایمانRIN - رینFood and Drug Administration - سازمان غذا و داروRegulatory toxicology - سم شناسی مقرراتیDEG - شماRNA Integrity Number - شماره یکپارچه RNALocally weighted scatterplot smoothing - صاف کردن پراکندگی محلی با وزنLowess - لوسMIAME - مامانEuropean Centre for Ecotoxicology and Toxicology of Chemicals - مرکز اروپایی سم شناسی سم شناسی و سم شناسی مواد شیمیاییfalse discovery rate - میزان کشف کاذبNo observed adverse effect level - هیچ عوارض جانبی مشاهده نشدهDifferentially expressed gene - ژن بیان شده متفاوت استDifferentially expressed genes - ژن های متفاوت بیان شده استLowest observed adverse effect level - کمترین میزان بروز ناخواسته مشاهده شدهquality control - کنترل کیفیت
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم محیط زیست
بهداشت، سم شناسی و جهش زایی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
A generic Transcriptomics Reporting Framework (TRF) is presented that lists parameters that should be reported in 'omics studies used in a regulatory context. The TRF encompasses the processes from transcriptome profiling from data generation to a processed list of differentially expressed genes (DEGs) ready for interpretation. Included within the TRF is a reference baseline analysis (RBA) that encompasses raw data selection; data normalisation; recognition of outliers; and statistical analysis. The TRF itself does not dictate the methodology for data processing, but deals with what should be reported. Its principles are also applicable to sequencing data and other 'omics. In contrast, the RBA specifies a simple data processing and analysis methodology that is designed to provide a comparison point for other approaches and is exemplified here by a case study. By providing transparency on the steps applied during 'omics data processing and analysis, the TRF will increase confidence processing of 'omics data, and regulatory use. Applicability of the TRF is ensured by its simplicity and generality. The TRF can be applied to all types of regulatory 'omics studies, and it can be executed using different commonly available software tools.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Regulatory Toxicology and Pharmacology - Volume 91, Supplement 1, December 2017, Pages S36-S45
Journal: Regulatory Toxicology and Pharmacology - Volume 91, Supplement 1, December 2017, Pages S36-S45
نویسندگان
Timothy W. Gant, Ursula G. Sauer, Shu-Dong Zhang, Brian N. Chorley, Jörg Hackermüller, Stefania Perdichizzi, Knut E. Tollefsen, Ben van Ravenzwaay, Carole Yauk, Weida Tong, Alan Poole,