آشنایی با موضوع

دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی (به انگلیسی: MD، Molecular Dynamics) شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مسئله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می‌کند. این روش یک واسطه بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می‌کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می‌شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می‌کند. دینامیک مولکولی یک روش منظم چندگانه‌است. قوانین و نظریه‌های آن از ریاضیات، فیزیک و شیمی بدست می‌آید و الگوریتم‌هایی را از علم رایانه و نظریه اطلاعات بکار می‌برد. دینامیک مولکولی ابتدا در فیزیک نظری در دهه ۱۹۵۰ استفاده شد. اما امروزه بیشتر در علم مواد و زیست مولکول بکار می‌رود. قبل از اینکه امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی با رایانه‌ها بوجود بیاید عده‌ای کار سخت آزمایش کردن آن بوسیله مدلهای فیزیکی مانند کره‌های ماکروسکوپیک را متعهد شدند. ایده این بود که انها را مرتب کنند تا ویژگیهای مایع را تکرار کند. آقای برنال در سال ۱۹۶۲ گفت من تعدادی از توپهای پلاستیکی در نظر می‌گیرم و آنها را با میله‌هایی در مخدوده طول ۲٫۷۵ تا ۴ اینچ بهم می‌چسبانم و سعی می‌کنم در اولین محلی که امکانش هست در محل کارم انجام دهم و حدود هر ۵ دقیقه مختل کنم و ان کاری را که قبلا انجام داده‌ام به یاد نیاورم. اما خوشبختانه امروز رایانه‌ها مسیر قیدها را حفظ می‌کنند. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می‌کند. دینامیک مولکولی یک روش منظم چندگانه‌است. قوانین و نظریه‌های آن از ریاضیات، فیزیک و شیمی بدست می‌آید و الگوریتم‌هایی را از علم رایانه و نظریه اطلاعات بکار می‌برد. در دینامیک علتهای حرکت مورد توجه قرار می‌گیرند. یعنی هر ذره یا جسم همواره در ارتباط با محیط اطراف خود و متأثر از آنها فرض می‌شود محیط اطراف حرکت را تحت تأثیر قرار می‌دهد. به عنوان مثال فرض کنید، جسمی با جرم معین بر روی یک سطح افقی در حال لغزش است. در این مثال سطح افقی به عنوان یکی از محیطهای اطراف جسم با اعمال نیروی اصطکاک در مقابل حرکت جسم مقاومت می‌کند. دینامیک مولکولی روش شناخته شده برای شبیه سازی سیستم های پیچیده متشکل از اجزای زیاد می باشد. اساس کار دینامیک مولکولی انتگرال گیری عددی از معادلات حرکت نیوتن برای تک تک ذرات موجود در سیستم می باشد. یک نمونه شبیه سازی دینامیک مولکولی شامل ۳ مرحله زیر است: 1-. دریافت پیکربندی اولیه ذرات که عبارت است از مختصات اولیه ذرات و سرعت های آغازین و خواص فیزیکی مثل جرم و سایز و نوع ذره. 2-. محاسبه لیست همسایه ها. این لیست برای هر ذره در سیستم تشکیل می شود و شامل همه ذراتی می باشند که در برد نیروی ذره مورد نظر قرار می گیرند. به این ترتیب محاسبات از به دست آوردن اندرکنش بین یک ذره در سیستم و با کل ذرات سیستم به محاسبه اندرکنش ذره با ذراتی که در لیست همسایگی قرار می گیرند تقلیل می یابد. این لیست هرچند گام زمانی از نو ساخته می شود. 3- محاسبه نیروی وارد به هر ذره از روی پیکربندی و شرایط اولیه و محاسبه شتاب هر ذره به دست آوردن سرعت و مکان جدید هر ذره با استفاده از یکی از روش ها انتگرال گیری محاسبه مشاهده پذیرها و کمیت های مطلوب و تکرار مراحل ۱ تا ۳ به تعداد بازه های زمانی مورد نظر. بسته ها نرم افزاری متعددی برای اجرای مراحل دینامبک مولکولی وجود دارند.
در این صفحه تعداد 376 مقاله تخصصی درباره دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی که در نشریه های معتبر علمی و پایگاه ساینس دایرکت (Science Direct) منتشر شده، نمایش داده شده است. برخی از این مقالات، پیش تر به زبان فارسی ترجمه شده اند که با مراجعه به هر یک از آنها، می توانید متن کامل مقاله انگلیسی همراه با ترجمه فارسی آن را دریافت فرمایید.
در صورتی که مقاله مورد نظر شما هنوز به فارسی ترجمه نشده باشد، مترجمان با تجربه ما آمادگی دارند آن را در اسرع وقت برای شما ترجمه نمایند.
مقالات ISI دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی (ترجمه نشده)
مقالات زیر هنوز به فارسی ترجمه نشده اند.
در صورتی که به ترجمه آماده هر یک از مقالات زیر نیاز داشته باشید، می توانید سفارش دهید تا مترجمان با تجربه این مجموعه در اسرع وقت آن را برای شما ترجمه نمایند.
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; NOE, nuclear Overhauser effect; PRE, paramagnetic relaxation enhancement; MD, molecular dynamics; MC, Monte Carlo; AD, axial descent; CSI, chemical shift index; ATCUN, amino-terminal Cu2+-Ni2+ binding; SASA, solvent-accessible surface area; drkN SH3, N-te
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 17 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CAPRI, Critical Assessment of Predicted Interactions; ICM, Internal Coordinates Modeling; MC, Monte Carlo; MCM, Monte Carlo minimization; MD, molecular dynamics; RF2, release factor 2protein–protein docking; flexible-backbone docking; loop modeling; confo
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 17 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; DHFR, dihydrofolate reductase; MD, molecular dynamics; CS, closed state; OS, occluded state; DHF, 7,8 dihydrofolate; THF, 5,6,7,8 tetrahydrofolate; NADPH, nicotinamide adenine dinucleotide phosphate; SCA, statistical coupling analysis; SOP, self-organized
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 17 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Grx1, glutaredoxin 1; Grx3, glutaredoxin 3; MD, molecular dynamics; PDI, protein disulfide isomerase; NPT, constant number of particles (N), constant pressure (P) and constant temperature (T); NVT, constant number of particles (N), constant volume (V) and
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 19 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; PQS, protein quaternary structure; PDB, Protein Data Bank; ASU, asymmetric unit; ASP, atomic solvation parameter; MD, molecular dynamics; PISA, Protein Interfaces, Surfaces and Assembliesmacromolecular assembly; asymmetric unit; biological unit; protein–p
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 24 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; EC, Enzyme Commission; IC50, median inhibitory concentration; MD, molecular dynamics; MMFF, molecular mechanics force field; SAR, structure–activity relationshipsCycloartane; Cucurbitane glycoside; Astragalus; Bryonia; Tyrosinase inhibition; Vitiligo; Mel
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 4 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; PC, phosphatidylcholine; PE, phosphatidylethanolamine; PS, phosphatidylserine; PG, phosphatidylglycerol; POPG, palmitoyloleoylphosphatidylglycerol; RDF, radial distribution functionMembrane simulation; Phosphatidylglycerol; Palmito
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 5 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; MDHS, molecular dynamics hydration sites; PrP, prion protein; PrPC, cellular PrP; PrPSc, scrapie PrP; huPrP, human PrP; shPrP, sheep PrP; chPrP, chicken PrP; tPrP, turtle PrP; xlPrP, frog PrP; mPrP, mammalian PrP; RMSD, root mean s
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; bm2, β2-microglobulin; TFE, 2,2,2-trifluoroethanol; RMSD, root-mean-square deviation; MD, molecular dynamics; NMR, nuclear magnetic resonance; SSNMR, solid state NMRAmyloid; Flexible docking; Symmetric restraints; Restrained molecular dynamics; β2-microgl
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Apn, allophenylnorstatine; LIE, linear interaction energy; MD, molecular dynamics; PmPM IV, Plasmodium malariae plasmepsin IV; PfPM IV, Plasmodium falciparum plasmepsin IV; RMSD, root mean square deviationMalaria; Plasmepsin; Enzyme inhibitors; Linear int
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Phosphoenolpyruvate carboxykinase; Saccharomyces cerevisiae; Microenvironment characteristicsHEPES, N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N′-2(ethanesulfonic acid); MantADP, 3′(2′)-O-(N-methylantraniloyl) derivative of ADP; MD, molecular dynamics; MOPS, 3-(N-morph
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; yeast chorismate mutase; allosteric mechanism; normal mode analysis; targeted molecular dynamicsYCM, chorismate mutase; TSA, transition state analog; RMSD, root-mean-square deviation; NMA, normal mode analysis; MD, molecular dynamics; TMD, targeted molecu
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 11 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; AABUF, average area buried upon folding; CSI, chemical shift index; HSQC, heteronuclear single quantum coherence; Im7, the immunity protein for colicin E7; MD, molecular dynamics; NOE, nuclear Overhauser enhancement; NOESY, NOE spectroscopy; DSS, 2,2-(dim
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 12 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; SMD, steered MD; EM, electron microscopy; PDB, Protein Data Bank; RMSD, root mean-squared deviation; POPE, 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylethanolamine; PMF, potential of mean forcemembrane proteins; aquaporins; water
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 12 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; guanosine; inosine; nucleotide binding; calorimetry; heat capacityITC, isothermal titration calorimetry; MD, molecular dynamics; DSS, 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate; HSQC, heteronuclear single quantum coherence; SPC, simple point charge
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 13 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; HEPES, N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N′-2(ethanesulfonic acid); MOPS, 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid; MD, molecular dynamics; OAA, oxaloacetate; PEP, phosphoenolpyruvate; PLP, pyridoxal 5′-phosphate; P-pyridoxyl, phospho-pyridoxylPhosphoenolpyruvate
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 13 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; REMD, replica exchange molecular dynamics; CD, circular dichroism; MD, molecular dynamics; GB, generalized Born; RMSD, root mean-squared deviation; Rg, radius of gyration; LR, Lifson-Roig; DSSP, dictionary of secondary structure predictionmolecular dynami
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 14 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; fengycin; non-ribosomal peptide synthesis; thioesterase structure; macrocyclization; catalytic triadNRPS, non-ribosomal peptide synthetases; PKS, polyketide synthases; Fen, fengycin; Srf, surfactin; TE, thioesterase; MD, molecular dynamics; PCP, peptidyl
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 14 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CD, circular dichroism; NMR, nuclear magnetic resonance; MD, molecular dynamics; TFE, trifluoroethanol; SA, simulated annealing; SD, steepest descent; ABNR, adopted basis Newton-Raphson; RMS, root mean square; PDB, Protein Data Bank
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 15 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; acetylcholine receptor; ion channel; normal mode analysis; allosteric mechanismnAChR, nicotinic acetylcholine receptor; AChBP, acetylcholine binding protein; EC, extracellular; TM, transmembrane; MD, molecular dynamics; NMA, normal mode analysis; RTB, rot
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 15 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; aaRS, aminoacyl-tRNA synthetases; ABD, the anticodon binding domain; MD, molecular dynamics; PreTS, pre-transition state; RF, Rossmann fold; RF-α, Rossmann fold domainmolecular dynamics; conformational equilibria; restraining potentials; catalytic Mg++ io
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 22 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; DOPE, discrete optimized protein energy-function; DOPER, DOPE reduced; PDB, Protein Data Bank; SA, simulated annealing; RMSD, root-mean-square deviation; RB, Ramachandran basin; MD, molecular dynamics; LD, Langevin dynamicsRamachandran basin; structure pr
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 23 صفحه سال انتشار : 2006 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; DPPC, dipalmitoylphosphatidylcholine; c-RW, cyclo(RRWWRF); PG, phosphatidylglycerol; PC, phosphatidylcholine; POPC, palmitoyloleylphosphatidylcholine; RMSD, root mean-square deviation; DPC, dodecyl phosphocholine; D, lateral diffus
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 11 صفحه سال انتشار : 2005 سفارش ترجمه
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; HB, hydrogen bond; MC, Monte Carlo; Me2SO, dimethyl sulfoxide; Burkholderia cepacia; Exopolysaccharide; Cepacian; Molecular modelling; Molecular dynamics; Polymer chain statistics;
دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 13 صفحه سال انتشار : 2005 سفارش ترجمه