آشنایی با موضوع

دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی (به انگلیسی: MD، Molecular Dynamics) شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مسئله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می‌کند. این روش یک واسطه بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می‌کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می‌شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می‌کند. دینامیک مولکولی یک روش منظم چندگانه‌است. قوانین و نظریه‌های آن از ریاضیات، فیزیک و شیمی بدست می‌آید و الگوریتم‌هایی را از علم رایانه و نظریه اطلاعات بکار می‌برد. دینامیک مولکولی ابتدا در فیزیک نظری در دهه ۱۹۵۰ استفاده شد. اما امروزه بیشتر در علم مواد و زیست مولکول بکار می‌رود. قبل از اینکه امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی با رایانه‌ها بوجود بیاید عده‌ای کار سخت آزمایش کردن آن بوسیله مدلهای فیزیکی مانند کره‌های ماکروسکوپیک را متعهد شدند. ایده این بود که انها را مرتب کنند تا ویژگیهای مایع را تکرار کند. آقای برنال در سال ۱۹۶۲ گفت من تعدادی از توپهای پلاستیکی در نظر می‌گیرم و آنها را با میله‌هایی در مخدوده طول ۲٫۷۵ تا ۴ اینچ بهم می‌چسبانم و سعی می‌کنم در اولین محلی که امکانش هست در محل کارم انجام دهم و حدود هر ۵ دقیقه مختل کنم و ان کاری را که قبلا انجام داده‌ام به یاد نیاورم. اما خوشبختانه امروز رایانه‌ها مسیر قیدها را حفظ می‌کنند. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می‌کند. دینامیک مولکولی یک روش منظم چندگانه‌است. قوانین و نظریه‌های آن از ریاضیات، فیزیک و شیمی بدست می‌آید و الگوریتم‌هایی را از علم رایانه و نظریه اطلاعات بکار می‌برد. در دینامیک علتهای حرکت مورد توجه قرار می‌گیرند. یعنی هر ذره یا جسم همواره در ارتباط با محیط اطراف خود و متأثر از آنها فرض می‌شود محیط اطراف حرکت را تحت تأثیر قرار می‌دهد. به عنوان مثال فرض کنید، جسمی با جرم معین بر روی یک سطح افقی در حال لغزش است. در این مثال سطح افقی به عنوان یکی از محیطهای اطراف جسم با اعمال نیروی اصطکاک در مقابل حرکت جسم مقاومت می‌کند. دینامیک مولکولی روش شناخته شده برای شبیه سازی سیستم های پیچیده متشکل از اجزای زیاد می باشد. اساس کار دینامیک مولکولی انتگرال گیری عددی از معادلات حرکت نیوتن برای تک تک ذرات موجود در سیستم می باشد. یک نمونه شبیه سازی دینامیک مولکولی شامل ۳ مرحله زیر است: 1-. دریافت پیکربندی اولیه ذرات که عبارت است از مختصات اولیه ذرات و سرعت های آغازین و خواص فیزیکی مثل جرم و سایز و نوع ذره. 2-. محاسبه لیست همسایه ها. این لیست برای هر ذره در سیستم تشکیل می شود و شامل همه ذراتی می باشند که در برد نیروی ذره مورد نظر قرار می گیرند. به این ترتیب محاسبات از به دست آوردن اندرکنش بین یک ذره در سیستم و با کل ذرات سیستم به محاسبه اندرکنش ذره با ذراتی که در لیست همسایگی قرار می گیرند تقلیل می یابد. این لیست هرچند گام زمانی از نو ساخته می شود. 3- محاسبه نیروی وارد به هر ذره از روی پیکربندی و شرایط اولیه و محاسبه شتاب هر ذره به دست آوردن سرعت و مکان جدید هر ذره با استفاده از یکی از روش ها انتگرال گیری محاسبه مشاهده پذیرها و کمیت های مطلوب و تکرار مراحل ۱ تا ۳ به تعداد بازه های زمانی مورد نظر. بسته ها نرم افزاری متعددی برای اجرای مراحل دینامبک مولکولی وجود دارند.
در این صفحه تعداد 376 مقاله تخصصی درباره دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی که در نشریه های معتبر علمی و پایگاه ساینس دایرکت (Science Direct) منتشر شده، نمایش داده شده است. برخی از این مقالات، پیش تر به زبان فارسی ترجمه شده اند که با مراجعه به هر یک از آنها، می توانید متن کامل مقاله انگلیسی همراه با ترجمه فارسی آن را دریافت فرمایید.
در صورتی که مقاله مورد نظر شما هنوز به فارسی ترجمه نشده باشد، مترجمان با تجربه ما آمادگی دارند آن را در اسرع وقت برای شما ترجمه نمایند.
مقالات ISI دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی (ترجمه نشده)
مقالات زیر هنوز به فارسی ترجمه نشده اند.
در صورتی که به ترجمه آماده هر یک از مقالات زیر نیاز داشته باشید، می توانید سفارش دهید تا مترجمان با تجربه این مجموعه در اسرع وقت آن را برای شما ترجمه نمایند.
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MTBD, microtubule-binding domain; EM, electron microscopy; SRS, seryl-tRNA synthetase; SAD, single-wavelength anomalous dispersion; MD, molecular dynamics; PEG, polyethylene glycol; SeMet, selenomethioninecytoskeletal motor protein; dynein; stalk coiled c
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; GPI, glycosylphosphatidylinositol; GIPLs, glycoinositolphospholipid; MD, molecular dynamics; AEP, aminoethyl phosphate; ETNP, ethanolamine phosphate; POPC, 1-palmitoyl-2-oleoylphosphatidylcholine; Man, mannose; GlcN, glucosamine; Ino, inositol; PCA, princ
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Kir, Inwardly rectifying potassium channel; GIRK, G protein-gated inwardly rectifying potassium channel; TPN, Tertiapin; MD, molecular dynamics; BD, Brownian dynamicsGIRK2; Kir3.2; Inwardly rectifying potassium channel; Conductance property; Molecular dyn
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; AD, Alzheimer's disease; NEP, neprilysin; IDE, insulin degrading enzyme; ACE, angiotensin converting enzyme; ECE, endothelin converting enzyme; MMP-9, matrix metalloprotease-9; Aβ peptide, amyloid beta peptide; MD, molecular dynamics; RMSD, root mean squa
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CHOL, cholesterol; MD, molecular dynamics; POPC, palmitoyl-oleoyl-phosphatidylcholine; RMSD, root mean square deviation; RDF, radial distribution function; SM, sphingomyelin; TCRT, cell receptor; TM, transmembraneCD3 ζζ; Membrane protein; Molecular dynami
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; RdRP, RNA-dependent RNA polymerase; MD, molecular dynamics; RT, reverse transcriptase; dsRNA, double-stranded RNA; rNTP, ribonucleoside triphosphate; NNI, non-nucleoside inhibitorantiviral therapy; drug discovery; RNA viruses; RNA-dependent RNA polymerase
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; NRP-1, neuropilin-1; VEGF, vascular permeability factor; CendR, C-end rule; TGF-beta, transforming growth factor beta; NVT, constant volume, temperature, and number of moles; NPT, constant pressure, temperature, and number of moles; MD, molecular dynamics
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; QM/MM, quantum mechanical/molecular mechanical; α-GlcF, alpha-glucosyl fluoride; pNPC2, pNP-cellobioside; RMSD, root-mean-square deviation; MD, molecular dynamics; HB, hydrogen bond; R, reactant; TS, transition state; P, productOligosaccharide synthesis;
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CMCC, congenital cataract-microcornea syndrome; FRET, fluorescence resonance energy transfer; MD, molecular dynamics; RRS, resonance Raleigh light scattering; SEC, size-exclusion chromatography; SDS, sodium dodecyl sulfate; SDS-PAGE, SDS-polyacrylamide ge
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; BLIP, beta-lactamase inhibitor protein; MD, molecular dynamics; MSF, mean square fluctuations; RMSD, root mean square deviation; VMD, visual molecular dynamicsBeta-lactamase; Ligand binding; Molecular dynamics simulations; Binding free energy; Allostery
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; GPCR, G protein coupled receptor; MD, molecular dynamics; DEER, double electron–electron resonance; TM, transmembrane; NMA, normal mode analysis; Meta, metarhodopsin; CT, C terminus; myr, myristoylationGα; hydrophobic triad; IC2; β2/β3 loop; conformationa
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; c, conversion; E, enantiomeric ratio; eep, enantiomeric excess of the product; ees, enantiomeric excess of the substrate; FOA, free oleic acid; MD, molecular dynamics; MOE, modeling enviroment; MTPA, (R)-(+)-3,3,3-trifluoro-2-methoxy-2-phenylpropanoic aci
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; MM, molecular mechanics; MMPB/SA, molecular mechanics with Poisson–Boltzmann with hydrophobic solvent accessible surface area; MMGB/SA, molecular mechanics with generalized Born model with hydrophobic solvent accessible surface are
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Galactosemia; Docking; Molecular dynamics simulations; Pharmacophore; Drug discovery; Rare diseaseGALT, galactose-1-phosphate uridyltransferase; gal-1-P, galactose-1-phosphate; GALK, galactokinase; glu-1-P, glucose-1-phosphate; MD, molecular dynamics; RMS
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MT, Mori–Tanaka; SC, Self-Consistent; UB, Upper Bound; LB, Lower Bound; MD, Molecular dynamics; TPCF, Two Point Correlation Function; RVE, Representative Volume Elementary; DI, Double-Inclusion; MA1, First Modified Approach; MA2, Second Modified Approach;
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; IL1, 1-allyl 3-methylimidazolium; IL2, 3-methyl-3-octhylimidozolium chlorides; MD, molecular dynamics; ns, nanosecond; ADA, adenosine deaminase; RDF, radial distribution function; GA, genetic algorithmAdenosine deaminase; Docking; Hydrogen bond; Ionic liq
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; DCM, dilated cardiomyopathy; HCM, hypertrophic cardiomyopathy; EM, electron microscopy; MD, Molecular Dynamics; PL, persistence lengthActin; Cardiomyopathy; Electron microscopy; Molecular Dynamics; Tropomyosin
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; TEM, effector memory T-cells; Kv, voltage-gated K+ channel; ShK, K+ channel toxin from Stichodactyla helianthus; ShK-amide, C-terminally amidated ShK; ShK-K-amide, ShK with a C-terminal Lys and amide; MD, molecular dynamics; PMF, potential of mean forceSh
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; BF2, buforin II; HDAP, histone-derived antimicrobial peptide; MD, molecular dynamics; POPC, palmitoyloleoylphosphatidylcholine; POPG, palmitoyloleoylphosphatidylglycerolAntimicrobial peptide; Cell-penetrating peptide; Histone; Membrane translocation; Mole
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; PEDV, porcine epidemic diarrhea virus; ORF, open reading frame; TGEV, transmissible gastroenteritis virus; ORi, oocyte Ringer’s-like solution; TEVC, two electrode voltage clamp; TM, transmembrane; TMD, transmembrane domain; MD, molecular dynamics; sgRNA,
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Indole; MDA-MB-231; Molecular dynamics; Retinoid; T47DCPT, camptothecin; DMEM, Dulbecco's modified Eagle's medium; ER, estrogen receptor; FCS, fetal calf serum; MD, molecular dynamics; PBS, phosphate buffered saline; RXR, retinoid X receptor; SRB, sulforh
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CNA, Constraint Network Analysis; CS, citrate synthase; DCM, distance constraint model; TUS, thermal unfolding simulation; RCD, rigid cluster decomposition; MD, molecular dynamics; PDB, protein data bank; WSMR, weak spot mutation ratioCitrate synthase; Th
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; 3D, three-dimensional; MD, molecular dynamics; RMSD, root mean square deviations; RMSF, root mean square fluctuations; RMSIP, root mean square inner product; RNase A,, bovine pancreatic ribonuclease; C-, dimer, C-terminal swapped dimer of ribonuclease A;
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; DOPC, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine; HD, hydration depth; HT, hydration thickness; MSD, mean square displacement; COM, center of mass; PME, particle mesh Ewald method; MD, molecular dynamics; ns, nanosecondMechanosensing; Lipid diffusion; Membr
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Aβ, amyloid-β; AD, Alzheimer's disease; APP, amyloid precursor protein; MD, molecular dynamics; SDC, self-diffusion coefficient; SASA, solvent-accessible surface area; PDB, Protein Data Bank; VDW, van der Waals; POPC, 1-palmitoyl-2-oleoylphosphatidylcholi
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; DAH7PS, 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase; PEP, phosphoenolpyruvate; E4P, erythrose 4-phosphate; MtuDAH7PS, Mycobacterium tuberculosis DAH7PS; MD, molecular dynamics; ITC, isothermal titration calorimetry; PDB, Protein Data Bank; SAXS,
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; ABC transporter; ATP-binding cassette; Switch Model; Constant Contact ModelTMD, transmembrane domain; NBD, nucleotide-binding domain; ICL, intracytosolic loop; MD, molecular dynamics; MDR, multidrug resistance; CH, coupling helix; HSD, helical subdomain;
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; apoC-II, apolipoprotein C-II; SE, sedimentation equilibrium; MD, molecular dynamics; MW, molecular weight; NOE, nuclear Overhauser enhancement; SASA, solvent-accessible surface area; ThT, thioflavin Tamyloid; inhibitor; peptide fibrils; peptide interactio
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; AD, Alzheimer's disease; PD, Parkinson's disease; CR, Congo red; ThT, thioflavin T; EM, electron microscopy; FCS, fluorescence correlation spectroscopy; ANS, 1-anilino-8-naphthalene sulfonate; MD, molecular dynamics; ROS, reactive oxygen species; MTT, 3-(
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Aβ, amyloid β; AD, Alzheimer's disease; MD, molecular dynamics; POPE, 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine; COM, center(s) of massAlzheimer's amyloid β peptide fibrils; amyloid protofilament structure; molecular dynamics simulations; amyl
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; FBP28, formin binding protein 28; FEL, free-energy landscape; WT, wild type; MREMD, multiplexed replica exchange molecular dynamics; MD, molecular dynamics; UNRES, united residue; PCA, principal component analysis; MSD, mean-square displacement; REMD, rep
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; HD, Huntington disease; Htt, Huntingtin protein; N17, first seventeen amino acids of Htt; MD, molecular dynamics; BEM, bias exchange metadynamics; CV, collective variableHuntingtin; N-terminal; Bias exchange metadynamics; Structural prediction
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CcO, Cytochrome c Oxidase; BNC, Binuclear Center; Glu, Glutamic Acid; Asp, Aspartic Acid; MD, Molecular Dynamics; PLS, Proton-loading SiteProton pump; Heme-copper oxidase; MD simulation; Proton-coupled electron transfer; Continuum electrostatics
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; ACHN, azobis(cyclohexanecarbonitrile); BHT, 3,5-di-tert-butyl-4-hydroxy-toluene; DVB, divinylbenzene; EGMA, ethylene glycol dimethacrylate; MAA, methacrylic acid; MD, molecular dynamics; TSA, transition state analogueDiels–Alder reaction; Molecularly impr
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; Aβ, amyloid β; Asp, aspartic acid; AD, Alzheimer's dementia; 3D, three-dimensional; MD, molecular dynamics; GBHCT, generalized Born method developed by Hawkins, Cramer, and Truhlar; REMD, replica exchange molecular dynamics; GBOBC, generalized Born method
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CD, circular dichroism; MD, molecular dynamics; NMR, nuclear magnetic resonance; PRD, prion-related domain; RMSD, root mean square deviations; RMSF, root mean square fluctuations; RRM, RNA recognition motif; SG, stress granules; TEV, tobacco etch virus; T
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; HbA, human hemoglobin; O2, molecular oxygen; Mb, myoglobin; CO, carbon monoxide; MD, molecular dynamics; MEM, maximum entropy method; BR, bimolecular rebinding; GR, geminate rebinding; RMSD, root mean square deviationHuman hemoglobin; Photodissociation; G
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; MD, molecular dynamics; CRD, carbohydrate recognition domain; WS, water site; WFP, water finding probability; HB, hydrogen bond; ABL, Agaricus bisporus lectin; GalNAc, N-acetyl-d-galactosamine; GlcNAc, N-acetyl-d-glucosamine; TA, T-antigen; TF-antigen, Th
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; LPBE, linearized Poisson–Boltzmann equation; SI, similarity index; ESI, electrostatic similarity index; ESD, electrostatic similarity distance; AESOP, Analysis of Electrostatic Similarities Of Proteins; MD, molecular dynamics; PDB, protein data bank; DP,
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; barnase; protein folding; small-angle X-ray scatteringSAXS, small-angle X-ray scattering; Gdn, guanidine hydrochloride; FRET, fluorescence resonance energy transfer; MD, molecular dynamics; Mes, 4-morpholineethanesulfonic acid
Elsevier - ScienceDirect - الزویر - ساینس دایرکت
Keywords: دینامیک مولکولی یا پویایی مولکولی; CPA, Cubic Plus Association; DFT, density functional theory; DGT, Density Gradient Theory; EoS(s), equation(s) of state IT interfacial tension; LJ, Lennard–Jones; MD, molecular dynamics; PR, Peng–Robinson; RG, renormalization group; SAFT, Statistical Asso