دانلود مقالات ISI درباره مدل سازی مولکولی + ترجمه فارسی

مدل سازی مولکولی(به انگلیسی: Molecular modeling) به کلیه تکنیک های تئوری و محاسباتی گفته می شود که در آن رفتار یک یا چند مولکول به وسیله مدل های گرافیکی مطالعه می شود. این تکنیک ها در علومی چون شیمی محاسباتی، بیولوژی محاسباتی و داروسازی به کار می رود. مدل سازی مولکولی امروزه جزو جداناپذیر تحقیقات در علوم زیستی می باشد. مادامی که مسأله بیولوژیک به بررسی رفتار یک پروتئین و یا ماکرومولکول های دیگر برخورد می کنند، روش‌های گوناگون مدل سازی برپایه مکانیک کوانتومی و کلاسیک را می‌توان راه گشای بسیاری از مشکلات دانست. با اعطای جایزه نوبل ۲۰۱۳ به دانشمندان سرشناس این رشته، مدل سازی مولکولی را می‌توان از رشته‌های پرکاربرد قرن حاضر تلقی نمود. فهم صحیح مدل های مورد استفاده در شبیه سازی بر پایه فیزیک و شیمی، استفاده از نرم‌افزار قابل اطمینان و تفسیر نتایج به دست آمده را می‌توان مهمترین قدم‌های یادگیری محاسبات در مدل سازی های مولکولی نامید. درکارگاه شرکت کنندگان باروش های گوناگون مورد استفاده در مدل سازی مولکولی از جمله روش‌های کوانتومی، مونت کارلو و دینامیک مولکولی آشنا خواهند شد و با استفاده از بسته نرم افزاری Gromacs به انجام یک پروژه در زمینه دینامیک مولکولی خواهند پرداخت. این روش در طراحی پروتئین های جدید، پیدا کردن مکانیسم بیماری زایی موتاسیون ها و بررسی تکامل کاربرد دارد. در حال حاضر این روش بعنوان بخش اصلی در مهندسی پروتئین بحساب می آید. در زمینه مهندسی و طراحی آنتی بادی نیز این روش بسیار کمک کننده می باشد. شبیه سازی مولکولی به ما این امکان را می دهد که با استفاده از یک برنامه رایانه ای و یک مدل نظری مناسب، رفتار و خواص سیستم را تخمین بزنیم. از آنجایی که انجام آزمایش ها در شرایط عملی سخت نظیر دما و فشار بالا دشوار به نظر می رسد، این تکنیک به لحاظ فنی اهمیت زیادی دارد. دینامیک مولکولی شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مسئله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می‌کند. بیشتر پژوهش ها ی امروزی دقت، سرعت و صحت خود را مدیون استفاده از علوم محاسباتی هستند. دنیای فردای علوم زیستی و پزشکی، دنیایی است به مراتب دقیق تر و سریع تر، و این به منزله ی رشد چشمگیر استفاده از محاسبات در شبیه سازی مولکولی خواهد بود. امروزه با گسترش دانش نانو شاهد ورود این علم به بخش های مختلف علوم مهندسی هستیم. بدلیل لزوم مدلسازی مولکولی اولیه در فرآیندهای ساخت در ابعاد نانو شاهد گسترش این نوع مدلسازی ها و ایجاد نرم افزارهایی بر این پایه می باشیم. مدلسازی در ابعاد اتمی در این مقاله با دو هدف اصلی مورد توجه قرار گرفته است که عبارتند از: 1-بررسی های ساختاری قطعات در ابعاد نانو - ماکرو 2-شبیه سازی های حرکتی بر پایه دینامیک مولکولی.