دانلود مقالات ISI درباره درخت فیلوژنتیک + ترجمه فارسی

درخت فیلوژنتیک (به انگلیسی: Phylogenetic tree) بیان روابط تکاملی میان گروهی از خصوصیات همولوگ است. بر اساس نظریه Fitch همولوژی رابطه دو خصوصیت به ارث رسیده و معمولا همگرا است و این خصوصیت در جد آن ها وجود داشته است. صفت می تواند هر چیزی باشد، توالی DNA، توالی پروتئین، صفات ظاهری یا ویژگی های رفتاری. قبل از استفاده از خصوصیات ژنومی، مرسوم است که اطلاعات مورفولوژیکی مورد استفاده قرار گیرد تا قرابت بین گونه ها را بررسی کنند. پس از تأیید روابط مورفولوژیکی، اطلاعات مولکولی و توالی ها برای رسم درختچه مورد استفاده قرار می گیرند. با توجه به اینکه ژنوم جانداران حجم گسترده ای از اطلاعات را در خود دارد و بررسی تمام این توالی ها بسیار دشوار است، لذا بایستی یک یا چند توالی را از بین توالی های ژنوم انتخاب کرد و میان دو یا چند جاندار مورد بررسی قرار داد. بهتر است که در انتخاب توالی بسیار دقت شود. توالی انتخابی باید میان موجودات انتخاب شده همولوگ باشد. برای این کار از ابزارهای FASTA و BLAST می توان استفاده کرد که توالی های مشابه را به صورت online در سایت EBI در اختیار قرار می دهند. این عمل به ما نشان می دهد که در بسیاری از موارد، هموپلازی باعث بوجود آمدن صفات مشابه، بدون جد مشترک شده است که عوامل محیطی عامل اصلی بوجود آمدن آن ها هستند. ایده درخت زندگی از متن‌های باستانی، از یک فرآیند نردبانی از پایین‌ترین تا بالاترین نوع حیات (مانند یک زنجیر آفرینش) گرفته شده‌است. اولین درخت‌های منشعب‌کننده تبارزایی (فیلوژنتیک) شامل یک نمودار دیرینه شناسی می‌شد که ارتباطات زمین شناسی میان گیاهان و جانوران را نشان می‌داد و در کتاب «زمین‌شناسی مقدماتی» نوشتهٔ ادوارد هیچکاک (چاپ اول ۱۸۴۰) آمده بود. چارلز داروین یکی از اولین و محبوب‌ترین تصاویر از مفهوم درخت تکامل را در کتاب اصلی خود، «منشا انواع» به تصویر کشیده است. در طول قرن بعد، زیست شناسان تکاملی هنوز از نمودار درخت برای نمایش تکامل استفاده می‌کردند، زیرا این نمودارها به خوبی مفهوم گونه زایی را بیان می‌کنند. در طول زمان، دسته بندی گونه‌ها کمتر ایستا و بیشتر پویا شد. درخت فیلوژنتیک ریشه‌دار یک گراف جهت‌دار است با یک گره منحصر به فرد متناظر با نزدیک‌ترین جد مشترک از همه موجودات که در برگ‌های درخت هستند. روش معمول ریشه دار کردن درخت استفاده از outgroup است. درختان بدون ریشه ارتباط گره‌های برگ را بدون هیچ فرضی در مورد اصل و نسب‌شان نشان می‌دهند. در حالی که درختان بدون ریشه به سادگی با حذف ریشه‌ها از درختان ریشه دار تولید می‌شوند، از یک درخت بدون ریشه نمی‌توان بدون استفاده از شناسایی اصل و نسب، ریشه را نتیجه گرفت. به‌طور معمول ریشه‌دار کردن یک درخت با اضافه کردن outgroup در داده‌های ورودی یا معرفی مفروضات بیشتری در مورد انجام سرعت نسبی تکامل در هر شاخه، مانند فرضیه ساعت مولکولی انجام می‌شود. شکل ۱ یک درخت تکامل نژادی بدون ریشه را برای پروتئین اصلی عضله نشان می‌دهد.