دانلود مقالات ISI درباره ترانسکریپتوم + ترجمه فارسی

ترانسکریپتوم (به انگلیسی: Transcriptome) مجموعه ای از مولکول های آران‌ای پیام‌رسان (mRNA) یا رونوشت هایی است که در یک سلول یا در جمعیتی از سلول‌ها بیان می شود. بر خلاف ژنوم که در تمامی سلول‌های یک موجود زنده ثابت است (به استثنای جهش یافته ها)، تحت شرایط مختلف الگوی بیان ژن‌ها تغییر خواهد کرد. به بیان دیگر، ترانسکریپتوم هر سلول تحت تاثیر ژن هایی است که به طور فعال در زمانی خاص ابراز می شوند، بعلاوه، تخریب mRNA نیز آن را تحت تاثیر قرار می دهد. به طور مثال، تنها ۳ درصد توالی‌های ژنومی انسان قابل رونویسی هستند. در مغز حدود ۱۵۰۰۰ ژن بیان می‌شوند در حالی که در سلول اپتلیال روده کمتر از ۲۰۰۰ ژن رونویسی می‌گردند. از ۸۰۰۰ ژنی که در ریشه گیاه مدل آرابیداپسیس بیان می‌شوند، ۹۰ درصد آنها در ساقه نیز قابل بیان هستند. به طور خلاصه، ترانسکریپتومیکس استفاده از منابع ژنومی به منظور مطالعات عملکردی برای شناسایی و مقایسه ژن‌های بیان شونده یک ژنوم تحت شرایط مختلف محیطی، رشدی، بافتی و تکوینی می‌باشد. تغییر توجه از ژنهای منفرد به ژنوم منجر به انواع بررسیهایی شده است که هدف آنها فهم فعالیت کل ژنوم است. این کار منجر به ابداع دو اصطلاح جدید شده است: ترانسکریپتوم که محتوای mRNA) RNA) یک سلول است و الگوی کلی بیان ژن در آن منعکس می گردد. پروتئوم که محتوای پروتئین یک سلول است و قابلیت بیوشیمیایی سلول را منعکس می کند. مطالعه ترانسکریپتوم: ترانسکریپتوم ترکیب پیچیده ای است که شامل صدها یا هزاران mRNA مختلف است که هر یک بخش متفاوتی از یک جمعیت کلی است. بنابراین برای شناسایی یک ترانسکریپتوم بایستی انواع mRNA آن و به طور ایده ال فراوانی آنها را تعیین نمود. مطالعه یک ترانسکریپتوم با بررسی توالی: مستقیم ترین راه برای شناسایی ترانسکریپتوم تبدیل mRNA آن به cDNA و سپی تعیین توالی هر کلون در کتابخانه cDNA حاصل است. مقایسه توالی های cDNA و توالی ژنوم ماهیت ژنهایی که mRNA آنها در ترانسکریپتوم وجود دارد را مشخص خواهد کرد. این فرایند امکانپذیر اما پر زحمت است، زیرا توالیهای cDNA زیادی نیازمند است تا یک تصویر نسبتا کامل از ترکیب ترانسکریپتوم بدست اید. آیا می توان راه کوتاهتری برای به دست آوردن سریع اطلاعات توالیها حیاتی پیمود؟ بررسی سریالی بیان ژن (Serial analysis of gene experession) یا SAGE یک راه حل ممکن است. SAGE به جای مطالعه cDNA کامل یک توالی کوتاه 12 جفت بازی را فراهم می کند که هر کدام نماینده یک mRNA در ترانسکریپتوم می باشد. اساس این روش همین توالیهای 12 جفت بازی است که با وجود اندازه کوچکشان برای شناسایی ژنهای رمز دهنده mRNA کافی هستند. اولین مرحله برای ایجاد توالیهای 12 جفت بازی، تثبیت mRNA درون یک ستون کروماتوگرافی با اتصال دم پلی A موجود در انتهای 3 مولکولها به ریزدانه های سلولزی است. mRNA به cDNA دو رشته ای تبدیل شده و سپس با آنزیم محدود کننده دارای جایگاه شناسایی چهار تایی مانند AluI تیمار می شود تا cDNA در جایگاههای زیادی بریده شود. قطعات محدود کننده انتهایی به ریزدانه های سلولزی متصل باقی می مانند و سایر قطعات را می توان شست و از ستون خارج نمود. حال یک اتصال دهنده کوتاه به انتهای آزاد هز cDNA متصل می گردد. این اتصال دهنده دارای جایگاه شناسایی آنزیم BsmEI است. این آنزیم یک آنزیم محدود کننده غیر طبیعی است که علاوه بر برش جایگاه شناسایی خود، در فاصله 10-14 نوکلوئوتید فرودست خود نیز برش ایجاد می کند. بنابراین تیمار با BsmEI قطعاتی با میانگین طول 12 جفت باز را از انتهای هر cDNA جدا می کند. این قطعات جمع آوری شده و به صورت سر به دم به صورت یک زنجیر به هم متصل شده و تعیین توالی می گرددو توالیهای جداگانه در زنجیر قابل شناسایی هستند، زیرا با جایگاهای BsmEI از هم جدا می شوند.