دانلود مقالات ISI درباره siRNA + ترجمه فارسی

منظور از siRNA مکانیسم خاموشی قوی و اختصاصی ژن است که توسط RNAدو رشته ای درونزاد (miRNA)یا برونزاد (siRNA)ایجاد می شود. اثرات RNAiبرای اولین بار توسط Napoliو همکارانش (در سال ۱۹۹1، به عنوان نتیجه تلاش آنها برای افزایش بیان کالکون سنتتاز (chalcone synthetase،CHS)،آنزیمی که تا حد زیادی مسئول رنگ گیاهی در گل اطلسی است، گزارش شد. برای مولکول های شکسته شده RNAدو مسیر وجود دارد: 1-RNAهای ناقص توسط ریبونوکلئازها تجزیه شوند 2-روی رشته هایی که با آنها همولوژی دارند، قرار گیرند و توسط RNAپلی مراز وابسته به RNAمجدداً دو رشته ای شده که در این صورت موجب تداوم مسیر RNAiمی شوند. SiRNA که یکی از انواع RNAi است امروزه کاربرد بسیاری پیدا کرده است. در این روش از توالی های دو رشته ای کوتاه RNA استفاده میشود. SiRNA مولکول های دو رشته ای RNA به طول 21 تا 25 نوکلئوتید هستند که توالی مکمل ژن مورد نظر را دارد و به صورت اختصاصی باعث کاهش ترجمه mRNA و تجزیه آن میشود. مکانیسم عمل این مولکول به این صورت است که مولکول dsRNA توسط یک آنزیم ریبونوکلئاز 3 به نام دایسر بریده میشود و یک توالی دو رشته ای 22 نوکلئوتیدی که در هر رشته در سمت 3 از رشته مقابل بلندتر است ایجاد میشود. این مولکول سپس به کمپلکس Risc متصل میشود این کمپلکس توسط آنزیم RNA هلیکاز مولکول SiRNA را تک رشته کرده و فقط رشته آنتی سنس داخل کمپلکس باقی می ماند. کمپلکس Risc که دارای رشته RNA آنتی سنس است به مولکول MRNA داخل سیتوپلاسم که توالی مکمل آن را داشته باشند متصل میشود. این اتصال علاوه بر جلوگیری از ترجمه باعث ایجاد یک برش در ساختار MRNA در فاصله 10 نوکلئوتید از انتهای ´5 مولکول SiRNA متصل شده میشود. این برش سبب میشود دیگر انتهای ´3 محافظت نشده و باعث ناپایداری ساختار MRNA و تجزیه آن شود و یا به صورت DNA داخل یک حامل وارد سلول شده و پس از رونویسی به صورت shRNA توسط دایسر بریده شده و به مسیر SiRNA وارد میشود. در چند سال گذشته پیشرفتهای فوق العاده ای در روش های خاموش سازی ژن براساس RNAinterference ایجاد شده و محققان از آن جهت خاموش سازی ژن بهره میبرند امروزه مشخص شده که میتوان از RNAi در زمینه های مختلفی از قبیل شناسایی مسیرهای پیام رسانی (signaling)، شناسایی عملکرد ژنها و درمان بیماری استفاده کرد. در طراحی siRNA باید معیارهای زیر رعایت گردد: 1- طول مولکول siRNA: siRNA موثر21 bp طول داشته و دارای آویزه 2 یا 3 بازی هستند 2- توالی مولکول siRNA: توصیه شده که بهتر است توالی های هدف siRNA به صورت AA (N19) TT باشد. علاوه بر این پیشنهاد شد که آویزه نیز توالی UU یا TT داشته باشد. 3- درصد GC مولکول siRNA: مطلوب است که محتوای GC مولکول حدوداً 35 تا 60 درصد باشد. 4- ناحیه مورد هدف siRNA در mRNA : ایده آل این است که در ناحیه ORF 1 باشد شناسایی بهترین توالی هدف یک پروسه امتحانی و آزمایشی است و تعدادی از siRNA باید علیه مکان های متفاوت در یک مولکول mRNA خاص آزمایش شود توصیه شده که نوکلئوتیدهای 75 تا 100 ابتدایی از هر mRNA پتانسیل لازم به عنوان مکان هدف کارآمد را ندارد زیرا نوکلئوتیدهای 75 تا 100 ابتدایی ممکن است در ناحیه UTR´5 مولکول mRNA باشند که در این شاید پروتئین های متصل شونده به mRNA حضور داشته باشند و میتوانند در عملکرد siRNA تداخل ایجاد کنند. 5- ارجحیت مکانی برای Risc: گزارش شده که ارجحیت مکانی باعث میشود که تنها یک رشته از siRNA دو رشته ای Risc شرکت یابد در این حالت ترجیحاً رشته آنتی سنس از siRNA به Risc متصل میشود معلوم شده زمانی که siRNA از لحاظ ترمودینامیکی ناپایدار باشند (غنی از ALU) یا سمت انتهای ´5 رشته آنتی سنس ناجورشدگی هایی (mismatch) وجود داشته باشد آن رشته ترجیحاً توسط Risc استفاده میشود در نتیجه بازدهی خاموش سازی افزایش میابد 6- اختصاصیت توالی هدف siRNA: جستجوی BIAST باید انجام شود تا توالی غیر اختصاصی شناسایی شوند 7- پیچیدگی توالی: از وجود سه آدنین و سه تیمین متوالی جلوگیری میشود زیرا سبب ختم زودرس رونویسی میشود. 8- نوع ارگانیسم: بستگی به اینکه موش، انسان، رت یا دروزوفیلا باشد طراحی متفاوت خواهد بود در مجموع siRNA مناسب 19 نوکلئوتید طول داشته که در سر هر ´3 خود نیز آویزه 12 اوریدینی یا دزوکسی تیمیدینی دارد از این رو توالی هدف همیشه با دو آدنین شروع میشود که مکمل با آویزه در اوریدین رشته آنتی سنس siRNA است.